sprawdź czy nie masz przy sprzęgle czujnika który bierze udział w zmianie biegów przy manualnej skrzyni. Kiedyś spotkałem się z przypadkiem że w E36 bodajże przy manualu po wciśnięciu sprzęgła nie chciał dziad zejść z obrotów właśnie w okolicy 2 tyś. obr./min i powodem okazał się mały czujnik koło sprzęgła był uszkodzony ale nie dawał błędów w inpie ;) idź tym tropem ;)