Zajrzyj do nich. Od tył widać jak zdejmiesz płytę pod skrzynią. Poduszki jednak najczęściej objawiają się stukiem przy mocnym dodaniu gazu lub przy puszczeniu. Ty je jednak wymieniłeś, więc raczej wątpię, że to one.
Możesz też pójść dalej - odpal auto, daj na obroty, przy których wibruje i obserwuj od sppdu. Jak to poduszki skrzyni, to będzie miotało w tamtym rejonie. Jak u mnie konwerter wibrował, to widać było gdzie jest największą aplituda drgań - dosyć łatwo było rozpoznać, że od konwertera pochodzą.
Wibracje mogą też pochodzić od koła pasowego, więc je sprawdź.